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GDKOI2014 基因模式
阅读量:6902 次
发布时间:2019-06-27

本文共 3502 字,大约阅读时间需要 11 分钟。

Description

 

Input

Output

对于每个询问,输出一行,表示对应的询问中符合要求的子串数目。
注意两个子串在S中位于不同位置即视为不同子串,即使它们对应的序列相同。
空串不计算在内。
 

Sample Input

输入1:
3
GATATG
ATA
a
GATAT
a
GATATG
aT
输入2:
2
ACTG
ACTGACTG
A
ACTGACTG
a

Sample Output

输出1:
2
7
5
输出2:
8
12
 

Data Constraint

 

对于询问串S,定义near[i]为以第i位为起点同时为T的子串的最长串的长度,则Si-i+near[i]-1串的任一子串都为T的子串

求解near的过程用SA和rmq实现

然后用一个二进制数表示对各个字母的奇偶性要求。f[i]表示以满足奇偶性为i的字符串数

对于第i位,为S子串的起点和终点为i和i+near[i]-1,这两个值都单调不下降。

对于末尾的转移,设x为后一位字母用二进制表示的奇偶性,f[i]=f'[i^x],且f[x]=f[x]+1(表示增加这一位的单个字符串)

对于首的转移,在对应位减一即可

 

#include
#include
#include
#include
using namespace std;int i,t,n,mj,ext,mn,x,len,j;int sa[300011],rank[300011],h[300011],co[300011],nr[300011];int a[300011],b[300011],near[300011],f[3][30],bel[300011],ans[1011];int lef[300011],rig[300011];char s[300011],s1[1011];bool p[1011][5];struct tree{ int x,z,q;}tr[1200011];void Read(){ char c; while(c=getchar(),c<'A'||c>'Z'); s[++n]=c; bel[n]=i; while(c=getchar(),c>='A'&&c<='Z'){ s[++n]=c; bel[n]=i; }}void sort(int *a){ int i; for(i=0;i<=mn;i++)co[i]=0; for(i=1;i<=n;i++)co[a[i]+1]++; for(i=1;i<=mn;i++)co[i]+=co[i-1]; for(i=1;i<=n;i++)nr[i]=0; for(i=1;i<=n;i++){ co[a[sa[i]]]++; nr[co[a[sa[i]]]]=sa[i]; } for(i=1;i<=n;i++)sa[i]=nr[i];}void getrank(){ int i; x=0; for(i=1;i<=n;i++){ if(i==1||a[sa[i]]!=a[sa[i-1]]||b[sa[i]]!=b[sa[i-1]])x++; rank[sa[i]]=x; } mn=x;}void Suffix(){ int i,j,k,l,last; for(i=1;i<=n;i++){ if(s[i]!='#')a[i]=s[i]-64; b[i]=0; sa[i]=i; } sort(a); getrank(); l=1; while(x!=n){ for(i=1;i<=n;i++){ a[i]=rank[i]; if(i+l<=n)b[i]=rank[i+l]; else b[i]=0; } sort(b); sort(a); getrank(); l*=2; } last=0; for(i=1;i<=n;i++){ if(last)last--; if(rank[i]==1)continue; j=i; k=sa[rank[i]-1]; while(j+last<=n&&k+last<=n&&s[j+last]==s[k+last]&&s[j+last]!='#')last++; h[rank[i]]=last; }}void build(int l,int r,int t){ int mid; if(l==r){ tr[t].x=l; tr[t].z=r; tr[t].q=h[l]; return; } tr[t].x=l; tr[t].z=r; mid=(l+r)/2; build(l,mid,t+t); build(mid+1,r,t+t+1); tr[t].q=min(tr[t+t].q,tr[t+t+1].q);}int ask(int l,int r,int t){ int mid; if(l==tr[t].x&&r==tr[t].z)return tr[t].q; mid=(tr[t].x+tr[t].z)/2; if(r<=mid)return ask(l,r,t+t); if(l>mid)return ask(l,r,t+t+1); if(l<=mid&&r>mid)return min(ask(l,mid,t+t),ask(mid+1,r,t+t+1));}void Work(int x){ int i,j,k,l,rn,xzq,ap,ple,z,q,xz,r,e; bool pp; xzq=0; for(i=mj;i<=n;i++){ if(bel[i]!=x)break; rn=i-mj+1; l=lef[rank[i]]; r=rig[rank[i]]; if(l!=0){ if(l
ple)near[rn]=ap; else near[rn]=ple; } for(i=0;i<=15;i++){ f[0][i]=0; f[1][i]=0; } z=0; l=1; for(i=mj;i<=n;i++){ if(bel[i]!=x)break; rn=i-mj+1; if(rn!=1){ f[1-l][z]--; if(s[i-1]=='A')z^=1; if(s[i-1]=='G')z^=2; if(s[i-1]=='C')z^=4; if(s[i-1]=='T')z^=8; } for(j=rn-1+near[rn-1];j
=1;i--){ if(bel[sa[i]]==0)rig[i]=i; else rig[i]=rig[i+1]; } build(1,n,1); for(i=1;i<=t;i++)Work(i);}

 

转载于:https://www.cnblogs.com/applejxt/p/3900157.html

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